Omicron a vlnové zpoždění v úmrtích

Pokusíme se odpovědět na otázky:
Je omicron tak mírný, jak si všichni přejí?
Proč bychom (ne)měli omicron podceňovat?
Zesílí nám omicron imunitu, abychom byli případně připraveni na další vlnu a proč si myslíme, že by mohla přijít?
Podíváme se také na statistické informace s daty z USA, tedy státu, který je ve vlně omicronu „napřed“.
Zjistíme, co omicron umí, a porovnáme to s tím, v jaké fázi je epidemie v České republice, jaká jsou opatření a jak se v nich vyznat nám pomohou jednoduché grafiky.
Pomůže nám očkování a jak je to s tou pomyslnou tečkou?

Mylná představa „mírného“ omicronu a zpožděné časové řady

(Dr. David Glassman)

Rychlost, s jakou lze v pandemii něco poznat, je omezená - omikron nikdy nebyl mírný. Označení varianty omikron za „mírnou“ bylo nezáměrnou chybou, které bylo možné zabránit, kdybychom rozuměli zpožděným časovým řadám.
Varianta omikron se objevila v posledním listopadovém týdnu. V týdnu od 20. prosince byly publikovány dvě studie, které uváděly, že u varianty omikron je menší pravděpodobnost závažných následků. Jedna uváděla, že je to o 2/3 méně pravděpodobné, druhá, že je to o 80 % méně pravděpodobné.

Tím se zrodil narativ o „mírném“ omikronu. Tato „dobrá zpráva“ se rychle rozšířila a vznikla legenda o tom, že covid-19 se vyvíjí tak, aby byl méně smrtelný - což má být přirozený krok, který nakonec učiní všechny pandemické nemoci. Endemie, jak hlásaly tweety, byla za rohem. Aby bylo jasno, tato tvrzení byla tehdy nepravdivá a jsou nepravdivá i nyní. Omikron není mírný. Viry se nepotřebují vyvíjet, aby byly méně smrtelné. A endemičnost nemá s mírností nic společného. 22. prosince nebylo možné odhadnout následky viru, který ještě nebyl znám ani čtyři týdny. Škody způsobené prvními zprávami o „mírném“ omikronu se však projevily jejich následným vlivem na chování jednotlivců i na veřejnou politiku.

Nyní víme, že infekce omikronem má přibližně poloviční pravděpodobnost úmrtí ve srovnání s Deltou (což je méně než 67-80% pokles uváděný v původním „mírném“ článku).
Velká část zmíněného poklesu je však výsledkem imunity získané očkováním nebo předchozí infekcí. Neočkovaní snášejí nejhorší následky jen o trochu lépe než předchozí vlny variant. Stejně tak děti, které jsou v nepoměrně větší míře neočkované. Opožděné a přetrvávající kognitivní účinky a cévní příhody se vyskytují ve větší míře než kdykoli předtím.

Omikron není mírný podle žádné smysluplné definice. A to ještě nedosáhl toho nejhoršího. Případy možná na mnoha místech dosáhly vrcholu, ale úmrtí a hospitalizace teprve začínají stoupat a BA.2 čeká v záloze.

Zpožděné časové řady: Je důležité najít přesné zpoždění

Co když při určování smrtnosti zvolíme příliš krátkou dobu sledování? Co kdyby průměrná doba od stanovení diagnózy do úmrtí byla 30 dní? V takovém případě by více než polovina úmrtí nastala až po 28 dnech – tedy až po ukončení studie. Námi vypočtená míra smrtnosti by byla příliš nízká.

Použití přesného zpoždění správně určí počet případů, a tak se přesně určí smrtnost. Použití příliš krátké prodlevy (mezi stanovením diagnózy a úmrtím) vede k dělení výsledku příliš velkým počtem případů. Nepřiměřeně velký jmenovatel má za následek podhodnocení smrtnosti. (graf 1, 2)

Až tato pandemie dávno skončí, budoucí historici budou konečnou míru smrtnosti covid-19 uvádět jako podíl celkového počtu úmrtí a celkového počtu případů mezi začátkem a koncem pandemie.

Mohli bychom se ptát, zda je tato konečná hodnota zjistitelná dříve, než vlna skončí - například před jejím vrcholem. Musíme brát v úvahu prodlevu mezi úmrtími a diagnózou. Skutečnost, že prodleva existuje, je očekávaná. Ale trochu neočekávané je, že zpoždění na konci je delší než zpoždění na začátku. Jinými slovy, zpoždění od konce vlny případů do konce vlny úmrtí je delší než zpoždění od začátku vlny případů do začátku vlny úmrtí.

Ne každý, jehož osudem je ve vlně zemřít, zemře po přesně stanovené době od stanovení diagnózy.
Úmrtí nenásledují diagnózy s přesným zpožděním. Pokud je průměrná doba od diagnózy do úmrtí 20 dní, někteří lidé zemřou po 5 dnech, jiní po 30 dnech atd. - očekáváme, že bude existovat určité statistické rozdělení doby od diagnózy do úmrtí.

To způsobuje, že časová řada úmrtí je zkreslená ve srovnání s časovou řadou „případů“. To také přesouvá masu časové řady „úmrtí“ na zadní stranu řady, za vrchol. Ne každý, komu je souzeno zemřít na covid-19, zažije přesně stejnou prodlevu od diagnózy do smrti. Někteří lidé mohou zemřít několik dní po stanovení diagnózy, zatímco jiní mohou žít několik týdnů, než své nemoci podlehnou. Zkreslení nutně snižuje vrchol, rozšiřuje základnu a přesouvá „masu“ na pravou stranu křivky smrtnosti.

K úmrtí během vlny omikronu dochází přibližně o 10 dní později než u předchozí vlny.

Shrnující myšlenka Dr. Glassmana

Je přirozené, že chceme vědět, jak špatná bude nová vlna, už tehdy, když začíná. To však není možné zjistit dříve, než projde hlavní masa vlny. Abychom mohli s jistotou posoudit míru výskytu závažných následků, jako je smrtnost, musí vrchol případů již dávno pominout. Tehdy většina lidí, kteří mají zemřít, již zemřela nebo už alespoň byla vystavena nákaze, která má za následek smrt. Z tohoto důvodu bychom nikdy neměli činit osobní nebo politická rozhodnutí na základě něčího hodnocení závažnosti vlny předtím, než tato vlna téměř skončí.

Pokud se mě někdo na začátku příští vlny zeptá: „Jak zlá bude tahle?“, odpovím mu: „Řeknu vám to, až skončí.“

Celý text v PDF

Jak to vypadá v USA?

A jak to vypadá tam, kde jsou „napřed“?

Aktuální úmrtí v souvislosti s covid-19 nejen v USA. 26.1.2022 zemřelo v USA 3143 osob v souvislosti s covid-19, nejvíc za posledních 11 měsíců. Aktuální sedmidenní průměr úmrtí je v USA, Spojeném království i ve Francii vyšší než při maximech delty!

Vraťme se zpět do naší vlasti a podívejme se, jak na to reaguje nejen vláda, ale i občané.

Jaká opatření v ČR jsou nyní zavedena a jak to vypadá například s mladšími ročníky v ČR?

Další kolo testů ve školách ze 31. ledna prokázalo významný nárůst šíření varianty omikron v ČR.

Dne 31. ledna proběhlo další kolo testů ve školách, ve kterém bylo otestováno více než 1 033 tisíc žáků a více než 166 tisíc pedagogů a zaměstnanců. Počet realizovaných testů v čase klesá v důsledku probíhajících izolací a karantén. Výsledky potvrzují kulminaci šíření vysoce nakažlivé varianty viru omikron. Testování žáků odhalilo celkem 13 595 pozitivních případů konfirmovaných metodou PCR, což představuje 1 315,9 zachycených případů na 100 tisíc testovaných osob. U pedagogů a zaměstnanců bylo 31. ledna potvrzeno 1 818 pozitivních případů konfirmovaných metodou PCR, což představuje 1094,5 zachycených případů na 100 tisíc testovaných osob.

Zdroj: https://www.facebook.com/1756900507894160/posts/3043222959261902

Ve srovnání s předchozími výsledky z 24. ledna v některých kategoriích testovaných zátěž již klesá, v jiných ještě roste. Šíření v různých věkových skupinách žáků a mezi pedagogy neprobíhá synchronně a do výsledků se také promítají významné rozdíly mezi regiony. Počet zachycených nákaz je nicméně stále velmi vysoký. Vysokou prevalenci nákaz potvrzuje i velký podíl primárních záchytů, které jsou pozitivně konfirmovány PCR testem (52 % – 57 %).

Pokles zátěže u studentů SŠ je v čase konzistentní ve všech regionech, stejný závěr platí pro pokračující (nyní již mírnější) růst zátěže u žáků ZŠ a u zaměstnanců. Ve shodě s výsledky populačních testů je největší pokles zátěže patrný v Praze. V pražské populaci nastalo šíření varianty omikron dříve než v ostatních regionech a testy ve školách nyní potvrzují již nastupující pokles zátěže.

„Počty nakažených stále rostou, ve školách jsou rekordní. Kolik nově pozitivních testy naposledy odhalily? Za leden 2022 máme celkem 158 308 nově nakažených žáků ve věku od šesti do 19 let. Jenom během minulého týdne se nakazilo sedm procent žáků středních škol. Když byly loni v březnu plošně zavřené všechny školy, bylo týdně maximálně jedno procento pozitivních žáků. Musím upozornit, že pondělní antigenní testování ve školách zachytí jen část nakažených žáků. Díky němu se během týdne nenakazí jejich spolužáci. Bez tohoto testování by byly počty nakažených mnohem vyšší než teď,“ píše prezident spolku Pedagogická komora Radek Sárközi na sociální síť Facebook. Komentuje tak článek, který vyšel na Události247.cz - Nejživější události z domova i zahraničí (udalosti247.cz). Radek Sarközi sleduje epidemii z pohledu pedagogů a zveřejňuje na stránkách Pedagogické komory informace nejen statistického původu, které se týkají žáků, studentů, učitelů a profesorů v České republice od počátku epidemie.

Sociální sféra a její postoj

Covidová data jdou proti vládním krokům. Kroky, které vláda zvolila, jsou dost možná odrazem přání naší hlasitější populace. Prof. Jan Konvalinka se k tomuto vyjádřil v článku Vypadá to, že zvítězili křiklouni, a to je špatně.

SZÚ: V Česku se objevila skandinávská varianta koronaviru

Ve vybraných vzorcích koronaviru hlášených laboratořemi Státnímu zdravotnímu ústavu (SZÚ) za poslední týden je 1,4 procenta varianty BA.2 dominující ve Skandinávii, jde o 88 případů z asi 6500. Sekvenací byla varianta potvrzena v pěti případech, informoval ústav. Kvůli dominanci varianty omikron ministerstvo zdravotnictví zrušilo povinnost vyšetřovat vzorky u lidí s příznaky znovu metodou diskriminačního PCR, která může ukázat na případnou jinou variantu. SZÚ doporučuje dál takto vyšetřovat rizikové pacienty, kteří by měli dostat antivirovou léčbu.

Varianta BA.2 dominuje v Dánsku a sousedním Švédsku, ve Velké Británii výskyt spojují s importem z Indie. Vědci se podle SZÚ původně domnívali, že jde o subvariantu omikronu příbuznou jeho linii BA.1. „Z fylogenetického hlediska se však zřejmě jedná o s omikronem zcela nepříbuznou subvariantu,“ informoval ústav v prezentaci k tiskové zprávě. O nové variantě zatím vědci nemají dostatek informací. Dánské zdravotnické úřady minulý týden oznámily, že je nejspíše 1,5krát nakažlivější než původní varianta omikronu, patrně však nezpůsobuje závažnější průběh onemocnění covid-19.

Vysněná tečka za pandemií je nejistá. Nákaza omikronem imunitu nedodá

Nová studie zpochybňuje předpoklad, že omikron ukončí pandemii.

Koronavirová varianta omikron se rozšířila po Evropě i v Česku rychlostí blesku. Příliš velké znepokojení ale nevyvolává, protože jen výjimečně vede k těžkému covidu a také její smrtnost je nízká.

Proto vzbuzovala naděje, že bude poslední masivní vlnou viru SARS-CoV-2, která poslouží k imunizaci dosud neočkovaných a udělá tečku za dva roky trvající pandemií.

Z tečky však může být dvojtečka. Nové poznatky naznačují, že mírný nebo bezpříznakový průběh nákazy omikronem nevybudí v organismu imunitní odpověď dostatečně silnou na to, aby chránila před další nákazou omikronem, ale i deltou.

Tento pesimistický závěr vyplývá ze studie vědeckého týmu Kalifornské univerzity v San Francisku publikované na odborném webu medrXiv pod názvem „Neutralizační imunita u průlomových infekcí způsobených variantami SARS-CoV-2 omikron a delta“.

„Mírnější forma omikronu může způsobit, že ti, kteří se z něj zotaví, budou stále zranitelní vůči existujícímu viru a budoucím (případně minulým) variantám," upozorňují výzkumníci. Jejich analýza zjistila, že ochrana přirozenou infekcí omikronem je asi třetinová ve srovnání s posilovací dávkou vakcíny.

„Naše výsledky naznačují, že imunita vyvolaná omikronem nemusí být dostatečná k tomu, aby zabránila příští infekci z jiné více patogenní varianty, která se může objevit,“ píše se ve studii, která dosud nebyla recenzována. Její závěry jsou však v souladu s poznatkem, že omikronovou vlnu pohání opakované infekce.

Z výzkumu expertů Harvardovy univerzity, publikovaného nedávno v odborném časopisu Science vyplývá, že virus SARS-CoV-2 má pořád prostor pro genetický vývoj a může vytvořit velký počet únikových mutací, které se dokážou vyhýbat protilátkám, a přitom si zachovají schopnost vstupovat do lidských buněk.

„Velká přizpůsobivost ve struktuře, kterou jsme viděli u hrotového proteinu SARS-CoV-2, naznačuje, že omikronem nejspíš příběh tohoto viru neskončí,“ cituje magazín The Harvard Gazette hlavního autora studie, mikrobiologa Jonathana Abrahama.

Ze zmíněné studie výzkumníků z Kalifornské univerzity se dá usuzovat, že lehčí nákaza omikronem nebude chránit ani před jeho „příbuzným“ – koronavirovou variantou BA.2, která převládá v Dánsku a Švédsku a která se už objevila také v Česku.

První poznatky naznačují, že je až 1,5krát nakažlivější než omikron. Nezpůsobuje však závažnější průběh covidu.
Egon Ozer, odborník na infekční choroby ze Severozápadní univerzity v Chicagu k ní agentuře Reuters řekl: „Pokud předchozí infekce BA.1 (omikron) nechrání před BA.2, můžeme zažít vlnu ve tvaru dvouhrbého velblouda.“

Existuje řešení? Jak to vypadá s vakcínami nejen na variantu Omicron?

Dobrá zpráva tu ovšem je. „K asi nejprestižněším oceněním patří ve vědě Nobelova cena. Kongresmanka za Texas Lizzie Fletcher letos nominovala na tuto cenu Dr. Petera Hoteze a jeho kolegyni Marii Elenu Bottazzi, kteří se zasloužili zejména o rozšíření nízkonákladové vakcíny bez patentového omezení. Nedivím se, hádám, že zachrání spoustu životů...“ napsala Pavla Doležalová k článku 2 Houston doctors nominated for Nobel Peace Prize for low-cost COVID vaccine.

Moderna zahajuje klinické testování posilovací dávky zaměřené na variantu Omikron

Společnost Moderna zahájila klinickou studii ke studiu bezpečnosti a účinnosti posilovací dávky, která je specificky zaměřena na variantu Omikron, oznámila společnost ve středu. V druhé fázi studie již první účastník dostal dávku boosteru specificky upraveného pro omikrony. Moderna očekává, že se zaregistruje asi 600 dospělých účastníků ve věku 18 a více let rozdělených rovnoměrně do dvou skupin. Účastníci první skupiny již dříve dostali dvě dávky původní vakcíny Moderna a účastníci druhé skupiny již dříve dostali dvoudávkovou vakcínu a booster. Účastníci v obou skupinách dostanou jednu dávku omikronového specifického boosteru. Generální ředitel Stephane Bancel již dříve uvedl, že lidé, kteří dostali posilující dávku loni na podzim, budou mít pravděpodobně na toto zimní období dostatečnou ochranu. Varoval však, že lidé mohou potřebovat čtvrtou dávku na podzim roku 2022, protože síla boosterů pravděpodobně klesne, jako tomu bylo v případě původních dvou dávek vakcíny.

Přidáváme malý vizuál pro dokreslení představy minulých vln:

Další novinky a aktuality, nad kterými lze společně pohovořit, najdete na Příznivci Iniciativy Sníh | Facebook či

Spolupráce: Blanka Krčmářová a Soňa

Děkujeme za přízeň

Váš tým Iniciativy Sníh