Varianta koronaviru SARS-CoV-2 XBB.1.16 "Arcturus" se rychle rozšiřuje v USA, nejedná se o „Pirolu“ BA.2.86

Milí čtenáři,

varianta, o které píšeme v tomto článku u nás je stále sledována. Ve vyšším sekvenačním počtu především v zahraničí.

Blíží se však nová varianta, o které zjišťujeme podrobnosti. Aktuálně zjištěné informace přinášíme na Facebooku. O variantě, která je aktualitou pro září 2023 píše článek na medicalpress.com nebo jamanetwork.com.

Varianta koronaviru SARS-CoV-2 XBB.1.16 (Arcturus) se rychle rozšiřuje v USA a brzy překoná v současné době dominující variantu XBB.1.5 (Kraken).

Současné odhady frekvence:

> 7% v USA

> 21% v US regionu 6 (Arkansas, Louisiana, New Mexico, Oklahoma, Texas)

> 38% v Indii

Rozšíření v Evropě lze očekávat v průběhu několika následujících měsíců.

Oproti předchozím mutantním kmenům má XBB.1.16 tři protein S substituce, E180V, F486P, a T478R v N-terminální doméně (NTD) a v doméně vázající receptory (RBD). XBB.1.16 je pravděpodobně rekombinantní varianta z BA.2.10.1 a BA.2.75. Disociační konstanta (KD) RBD XBB.1.16 pro hostitelský receptor angiotenzin konvertujícího enzymu 2 (ACE2) je 2,4krát vyšší než u XBB.1.5; její hodnoty KD však byly výrazně nižší než u XBB.1. XBB.1.16 pravděpodobně získal tyto dvě mutace S proteinu současně jakožto evoluční strategii. Toto chování bylo již dříve pozorováno u jiných subvariant Omicron, včetně BA.5 a XBB.1.

Z hlediska citlivosti na séra neutralizační testy ukázaly, že XBB.1.16 je vysoce rezistentní vůči sérům jedinců infikovaných Omicron BA.2/BA.5.

XBB.1.16 je také vysoce rezistentní ke všem šesti klinicky dostupným monoklonálním protilátkám proti SARS-CoV-2. Antigenní kartografie ukázala, že XBB.1.16 má antigenicitu blízkou XBB.1; tato charakteristika se však značně liší od charakteristiky XBB.1.5.

Subvarianta XBB.1.16 SARS-CoV-2 Omicron má obrovský potenciál šířit se a infikovat lidi po celém světě ve větším rozsahu než subvarianty XBB.1 a XBB.1.5. Kromě toho vykazuje XBB.1.16 vyšší potenciál k obcházení imunitní paměti. XBB.1.16 má vyšší fitness a růstovou výhodu díky odlišné antigenicitě v porovnání s XBB.1.5." napsal na svém Facebooku Zdeněk Hel.

Jaká je tedy odolnost proti této mutaci?

"Zatím nevíme, je příliš brzy. Prozatím není důvod obávat se významně horšího průběhu infekce. Byly ale zaznamenány specifické symptomy u dětí. Častější je například zánět spojivek. Je celkem jisté, že XBB.1.6. bude brzy dominantní v USA. Vývoj v Evropě je méně jistý, může se stát dominantní, už se ale objevují další kmeny s podobnou charakteristikou." odpověděl na otázku RNDr. Zdeněk Hel, Ph.D..

Ze zprávy SZÚ k sekvenačním datům

Dle celogenomové sekvenace v tomto časovém období převažovaly subvarianty omikronu XBB.1.5, ostatní varianty se uplatňují v menší míře. Nově je monitorována varianta XBB.1.16, která se objevila v Indii, její růstová výhoda ve srovnání s XBB.1.5 je přibližně 5 %. Typické mutace pro tuto novou variantu jsou S:486P, S:T478R, ORF9b:I5T

V evropském regionu WHO v týdnu 11/2023 bylo nahlášeno 330 882 nových potvrzených případů covid-19 a 1 819 nových úmrtí v porovnání s předchozím týdnem došlo k poklesu o 8,8 % v počtu nových případů a poklesu o 28,9 % v počtu úmrtí ve srovnání s týdnem 10/2023.

31,7 % případů bylo nahlášeno u osob ve věku ≥ 65 let
91,2 % smrtelných případů bylo nahlášeno u osob starších 65 let
Podíl detekovaných sledovaných variant činil:
- BQ.1, 21,3 %
- XBB.1.5, 14,9 %
- BA.3. 1 případ
- BA.2.75, 11,3 %
- XBB, 5,5 %
- BA.4 a BA.5, 0,9 %
- BA.2, 0,1

Přestože se varianta XBB.1.16 poměrně rychle šíří v některých regionech, neuplatňuje se zatím dominantně v globálních datech. GISAID zatím neaktualizoval výpočet pro XBB.1.16, což může tato data ovlivnit.

Nově monitorovaná varianta XBB.1.16, označena jako Arcturus (viz zprávy ze dne 3.4. a 11.4. 2023), se nadále šíří, kromě domovské Indie především v USA, Singapuru a v evropských zemích hlásí nejvyšší počet Velká Británie, Francie, Rakousko a Německo, v ČR zatím nebyla potvrzena.

Varianta je charakterizována následujícími mutacemi:

spike: E180V, K478R, S486P ORF9b: I5T; nově vyštěpená subvarianta XBB.1.16.1 nese navíc ve spike substituci T547I.

S touto variantou není spojován těžší průběh onemocnění, byť Indie hlásí zvýšený počet úmrtí, za mimořádný klinický projev lze považovat svědivý zánět spojivek. To může v dětských kolektivech usnadnit přenos infekce. Stejně jako všechny předchozí varianty je rezistentní vůči všem dostupným léčebným monoklonálním protilátkám vyjma preparátu Sotrovimab, kde první výsledky naznačují pouze sníženou účinnost (předběžná informace Division of Systems Virology, Institute of Medical Science, University of Tokyo, Japan).

Data: Yamasoba et al., BioRxiv 2023

Zdroje: